Papież Wigiliusz, mimo iż przebywał w tym czasie w Konstantynopolu, nie stawił się na znak protestu na wezwanie ojców soborowych, jednakże w grudniu 553 roku cesarz zmusił go do podpisania akt soboru i dopiero wtedy pozwolił wrócić do Italii.
Recepcja Soboru Sobór ten został uznany zarówno przez Konstantynopol, jak i przez Rzym, a także przez większość wyznań protestanckich jako piąty spośród pierwszych siedmiu Soborów Powszechnych.
Akta Soboru zatwierdził następca Wigiliusza, papież Pelagiusz I. W dalszym ciągu jednak sprzeciwiano się w całej północnej Italii, Anglii, Francji i Hiszpanii, a także w Afryce i Azji. Sprzeciw w Afryce ustał w 559 r., ale Mediolan trwał w schizmie aż do 571. W Istrii opór trwał aż do 607, po pojednaniu część biskupów utworzyła Patriarchat Staroakwilejski, schizmatycki wobec Patriarchatu Akwilei. Trwał on cały VII w., do pojednania doszło na Synodzie w Akwilei (700), dwadzieścia lat po tym, gdy akta Soboru (Piątego Soboru powszechnego) zatwierdził następny, Szósty Sobór konstantynopolitański III Historical excursus on the after history of the Council.. Rozwiązania teologiczne Soboru przyjmował także papież Grzegorz I Wielki: (...) Szanuję również piąty synod, na którym odrzucono tzw.