Stacje zostały wyposażone w urządzenia sterowania ruchem kolejowym obsługiwane zdalnie z Władysławowa, przez co obsługa stacji (oprócz kas biletowych) stała się zbędna.
W marcu 2001 dzięki interwencji i dofinansowaniu samorządu województwa pomorskiego linia została uratowana przed likwidacją.
W 2005 do obsługi połączeń lokalnych pomiędzy Gdynią a Helem zaczęto stosować szynobusy i spalinowe zespoły trakcyjne wyprodukowane przez Pesę Bydgoszcz. W 2006 pojazdy te przejęły całość przewozów poza sezonem. W sezonie letnim, ze względu na zwiększenie liczby podróżnych, nadal stosowane są również składy tradycyjne.
11 listopada 2010 Newag Nowy Sącz przekazał województwu pomorskiemu dwa dwuczłonowe SZT SA137; do końca roku przekazane zostały jeszcze 3 z 4 kupionych przez województwo pojazdów trójczłonowych SA138, a czwarty z nich pojawił się na początku 2011. Pojazdy te zostały kupione ze środków Regionalnego Programu Operacyjnego dla województwa pomorskiego na lata 2007–2013 i przypisane do obsługi połączeń Kościerzyna – Gdynia – Kościerzyna i Gdynia – Hel – Gdynia.