Nawet wojna siedmioletnia (1756-1763), podczas której Rzeczpospolita była formalnie neutralna, nie ominęła Żuław, które padły ofiarą grabieży zarówno przez wojska rosyjskie, jak i szwedzkie.
Okres w zaborze pruskim W wyniku I rozbioru Polski Żuławy weszły w skład Prus. Niszczejący zamek nowodworski został przekazany przez króla Fryderyka II miejscowym luteranom i w jednej z sal utworzono kaplicę ewangelicką (1784). Miejsce to okazało się jednak niewystarczające i w latach 1831–1834 na piwnicach rozebranego zamku wybudowano nową świątynię. W latach 1847–1851 wybudowano kościół katolicki. Po niekorzystnym dla regionu okresie wojen napoleońskich (1807-1813), kiedy to na Żuławach stacjonowały wojska francuskie, Nowy Dwór zaczął się dynamicznie rozwijać się, dzięki czemu w 1824 r. przeniesiono tu z pobliskiego Nowego Stawu pruski Sąd Królewski, w 1859 nadano mu prawa osady targowej (1859). Najważniejszym wydarzeniem było nadanie przez cesarza Wilhelma I praw miejskich w 1880. W miasteczku znajdowały się browary, tkalnia lnu, wytwórnia tytoniu, garbarnia, fabryka mydeł, cukrownia (od 1881). Wizytówką miasta była jednak produkowana od 1776 roku przez rodzinę Stobbe słynna wódka jałowcowa Stobbes Machandel. W 1886 miasteczko uzyskało połączenie kolejowe z Szymankowem, skąd można było się udać do Berlina i Królewca.