30 kwietnia 2019 zgodnie z decyzją z dnia 1 grudnia 2017 abdykował na rzecz swojego syna Naruhito.
Agencja Dworu Cesarskiego ogłosiła w dniu 25 lutego 2019 roku, że po abdykacji cesarz Akihito będzie posiadał tytuł 上皇陛下 (Jōkō Heika), po angielsku „His Majesty the Emperor Emeritus”, a cesarzowa Michiko – 上皇后陛下 (Jōkōgō Heika) „Her Majesty the Empress Emerita”.
Zasadnicza ceremonia abdykacji (Taiirei-Seiden-no-Gi) miała miejsce w dniu 30 kwietnia 2019 roku, w sali Matsu-no-Ma głównego budynku kompleksu pałacowego.
Działalność naukowa Cesarz jest z zamiłowania ichtiologiem. Kontynuuje w ten sposób tradycje naukowe w rodzinie – jego ojciec, cesarz Hirohito specjalizował się w badaniu meduz. Akihito przez wiele lat prowadził badania taksonomiczne nad rybami babkowatymi (Gobiidae) i dziś jest uznanym ekspertem w tej dziedzinie. Odkrył 10 nowych gatunków babki. W 2005 nowo opisana babka została nazwana na jego cześć Exyrias akihito, a w 2007 jego imię otrzymał również rodzaj babki pochodzący z Vanuatu. W 2021 Imperial Household Agency ogłosił, że Akihito odkrył dwa nowe gatunki babki.