Liczne obowiązki administracyjne i, podobno, groźby ze strony bliskich straconych kryminalistów, których mózgi badał, sprawiły, że Spitzka zaczął przejawiać paranoiczne zachowania i nadużywać alkoholu. Powtarzana jest anegdota, jakoby przyszedł na jeden wykład z dwoma pistoletami, mówiąc, że jego życie jest zagrożone. Kiedy problem z jego zachowaniem zaczął narastać, Rada Powiernicza Jefferson Medical College postanowiła 21 listopada 1912 dać mu roczny urlop. Gdy Spitzka przekonał się, że nie będzie mógł już wrócić na dawne stanowisko, złożył rezygnację. Została przyjęta 6 czerwca 1914.
Od czerwca 1917 służył w Korpusie Medycznym US Army (Army Medical Corp), w wielu szpitalach na terenie Stanów, a przez kilka miesięcy także za granicą. Został awansowany do stopnia podpułkownika. Przeniesiony w stan spoczynku z honorami 28 stycznia 1919. Prowadził prywatną praktykę, pełnił też różne funkcje w Departamencie Spraw Weteranów (Veterans Bureau), z których ostatnią było kierowanie referatem medycznym.