Andrews był przewodniczącym komitetu pracującego nad zasadami systematycznej ofiarności adwentystów. Był członkiem komitetu, który ustalił nazwę formułującej się społeczności, określając ją jako adwentyści dnia siódmego. Był współtwórcą struktury organizacyjnej adwentystów – m.in. Generalnej Konferencji jako naczelnego organu zarządzającego Kościołem Adwentystów Dnia Siódmego. W 1863 – w latach wojny secesyjnej – prowadził negocjacje z rządem Stanów Zjednoczonych, w efekcie których Kościół został uznany za społeczność niekombatancką, której rekruci służą w służbach sanitarnych.
Teolog adwentystyczny Andrews nie posiadał akademickiego teologicznego wykształcenia, ale ze względu na niepoślednie przymioty umysłu, wyróżniające go w grupie pionierów adwentyzmu, oraz ze względu na znajomość hebrajskiego i języków klasycznych, wywarł znaczący wpływ na kluczowe decyzje doktrynalne. Prowadził wieloletnie ukierunkowane studia nad dziejami dnia świętego w chrześcijaństwie. W 1855 roku skierował uwagę kształtującej się społeczności adwentystycznej na teksty Pisma Świętego określające czas trwania święta sobotniego od zachodu słońca w piątek do zachodu słońca w sobotę. W 1861 roku wydał opracowanie pogłębiające zrozumienie przez adwentystów niezmiennej ważności soboty jako dnia świętego pt.