Lata kierowania Studium i Wydziałem ograniczyły nieco aktywność naukową Senissona, wypartą przez prace organizacyjne. W późniejszym okresie pełnił jeszcze m.in. funkcję wicedyrektora Instytutu Geodezji i Fotogrametrii (1978–1981, już po przemianowaniu uczelni na Akademię Rolniczo-Techniczną), niemniej jednak mógł więcej czasu poświęcić pracy naukowej. Zajmował się teorią wyrównywania wyników obserwacji, teorią wyznaczników, nieliniową interpolacją. Publikował na ten temat artykuły w czasopiśmie olsztyńskim „Acta Academiae Agriculture as Technicae Olstenensis” oraz w wydawnictwach Akademii Górniczo-Hutniczej w Krakowie. Dorobek ten wraz z pracami z lat wcześniejszych stał się podstawą wniosku o nadanie Witoldowi Senissonowi tytułu naukowego profesora, co nastąpiło w 1988. Rok później Senisson przeszedł na emeryturę, ale jeszcze przez wiele lat uczestniczył w życiu wydziału poprzez udział w posiedzeniach Rady Wydziału. 29 czerwca 1999 uroczyste posiedzenie Rady Wydziału uhonorowało 80-lecie urodzin uczonego. Wspominany przez współpracowników i studentów był jako człowiek z bohaterską przeszłością, o dużym poczuciu humoru, potrafiący inspirować do pracy naukowej.