Podczas wojny na terenie BSRR działały trzy partyzantki – polska, radziecka i żydowska. Niemcy kontynuowali rozpoczętą przez sowietów politykę ekonomicznego wyniszczania miejscowej ludności (polskiej, białoruskiej i żydowskiej), jednak w porównaniu z nazistowską okupacją Ukraińskiej SRR niemieckie rządy miały dla białoruskiej społeczności – m.in. za sprawą komisarza Kubego – charakter znacznie łagodniejszy. Zezwolono lokalnym działaczom białoruskim na zakładanie organizacji społeczno-narodowych oraz formacji paramilitarnych (m.in. Białoruska Obrona Krajowa). Na czele władz miejskich stawali białoruscy działacze narodowi, m.in. Wacław Iwanowski, Anatol Komar czy wspomniany wyżej Radosław Ostrowski.
W 1944 roku Armia Czerwona ponownie opanowała tereny dawnej BSRR. Najważniejszymi kwestiami po zakończeniu wojny były zarówno powojenna odbudowa, jak i ponowne ustalenie granic republiki. W 1945 roku została podpisana umowa między Tymczasowym Rządem Jedności Narodowej a ZSRR o polskiej granicy wschodniej, którą wyznaczono w przybliżeniu wzdłuż tzw. linii Curzona, w wyniku czego Polsce zwrócono jedynie Ziemię Białostocką.