Priorytety AER na lata 2007-2012 Promowanie modernizacji i internacjonalizacji zarządzania regionalnego Promowanie innowacji, wzrostu i zatrudnienia w Europejskich Regionach Poświęcanie się wyzwaniom przemian demograficznych, migracji, zdrowia i społecznego włączenia Zapewnianie zrównoważonego rozwoju i zwalczanie degradacji środowiska Rozwijanie demokracji poprzez różnorodność oraz promowanie różnorodności w kulturze, mediach i edukacji Budowanie bezpiecznego środowiska dla obywateli
Ośrodki rządzenia Zgromadzenie Generalne Zgromadzenie Generalne składa się z politycznych reprezentantów członków regionów AER. Decyduje o strategii politycznej AER, głosuje nad budżetem, podejmuje decyzje o tworzeniu komitetów czy podjęciu szczególnych zadań, ratyfikuje przyjęcie członków, etc. Zgromadzenie Generalne wybiera Prezydenta AER, członków Biura i Sekretarza Generalnego. Biuro Biuro podejmuje wszystkie konieczne decyzje niezbędne dla utrzymywania płynnych stosunków ze Zgromadzeniem Generalnym oraz koordynuje współpracę różnych komitetów. Jego spotkania odbywają się co najmniej dwa razy w roku. Członkowie biura wybierani są na dwa lata przez Zgromadzenie Generalne za sugestią Regionów członkowskich. W Biurze znajduje się przynajmniej jeden regionalny przedstawiciel z jednego kraju.