XVI wiek początek XVI w. – sprowadzenie bernardynów do miasta 1517 – kolejny pożar w Kłodzku, spalił się kościół Bernardynów 1524 – następny pożar, wytyczenie ul. Browarnej 1526 – miasto przeszło w ręce Habsburgów 1536 – przejazd księcia Ottheinricha w drodze do Krakowa. Towarzyszący mu rysownik Matthias Gerung namalował wedutę Kłodzka z zamkiem na Fortecznej Górze 1540 – wybudowano wodociąg miejski 1546 – opuszczenie miasta przez bernardynów 1557 – zbudowano Zamek Niższy z bastionami 1574 – wzniesiono kamienny most przez Nysę Kłodzką w rejonie Przedmieścia Ząbkowickiego 1580 – powstaje wieża ciśnień 1590 – utrata przez miasto monopolu browarnianego i rzemieślniczego na rzecz szlachty 1595 – przekazanie kościoła i klasztoru augustianów jezuitom
XVII wiek 1605 – franciszkanie ponownie objęli swoją posiadłość na Piasku 1618 – wygnanie jezuitów z miasta 1619 – powstaje drukarnia 1620 – początek budowy twierdzy 1622 – oblężenie miasta i spalenie przedmieść, Kłodzko zdobyte przez wojska cesarskie 1624 – powrót do miasta jezuitów 1633 – epidemia pochłania połowę mieszkańców miasta 1639 – spalenie przedmieść przed atakiem wojsk szwedzkich 1665 – rozpoczęto budowę kolegium jezuickiego 1680 – wielka epidemia 1687 – przyłączenie do miasta Ustronia Górnego jako przedmieścia