Historiografia polska doby podzaborowej, Poznań 2014, s 65..
W 1834, w gronie kolegów szkolnych założył konspiracyjne „Towarzystwo Starożytności” mające na celu gromadzenie i referowanie wiadomości o istniejących w kraju zabytkach przeszłości. członkami jego byli nie tylko uczniowie Polacy, ale również, i to w większości, Niemcy i Rusini. Sprawa się wydała, przeprowadzono śledztwo, w którym Szajnocha całą odpowiedzialność wziął na siebie. Kara nie była zbyt dotkliwa, jednak miała brzemienne skutki w przyszłościS.M. Kuczyński, „Jadwiga i Jagiełło” Karola Szajnochy, [w:] K. Szajnocha, Jadwiga i Jagiełło 1374-1413. Opowiadanie historyczne, t. 1, Warszawa 1974, s. 8..
W 1835 zapisał się na Wydział Filozoficzny Uniwersytetu Lwowskiego, ale po kilku miesiącach, 21 stycznia 1836 został aresztowany i odstawiony do więzienia śledczego. Oskarżony był o pisanie kartek i wierszy o antyrządowej treści. Kartki te znaleziono na uniwersytecie i w kościele bernardyńskim w ławkach, które podczas mszy szkolnej zajmowali uczniowie najwyższej klasy gimnazjalnej. Szajnocha i tym razem przyznał się do winy.