W 1920, z ramienia rządu, został nadzwyczajnym komisarzem do walki z epidemiami. Dekretem Naczelnika Państwa z 29 grudnia 1921 został odznaczony orderem „Odrodzenia Polski" klasy II „w uznaniu wybitnej i ofiarnej pracy przy zwalczaniu epidemii w Polsce”. W 1922 wybrany do Senatu RP z ramienia ZLN (Narodowa Demokracja), zasiadał tam do 1927. Otrzymał tytuł doktora honoris causa na Uniwersytecie Jagiellońskim i Uniwersytecie Jana Kazimierza we Lwowie. W 1935 został laureatem nagrody naukowej m. Warszawy, od 1936 był członkiem Papieskiej Akademii Nauk. Przed wyborami do Rady Miasta Krakowa z 1938 został wiceprezesem Prezydium Polskiego Bloku Katolickiego.
Od 1920 żonaty z Jadwigą z Dydyńskich. Adoptowali córkę Irenę, późniejszą żonę Janusza ZielonackiegoEmil Godlewski junior, Kronika działalności na polu opieki sanitarnej 1940-1941, oprać. Urszula Perkowska, "Krakowski Rocznik Archiwalny" t. 9, 2003, s. 256.
Został pochowany na cmentarzu Rakowickim (kwatera X-płd-po prawej Piwockich).