Badania Russello i współpracowników (2005) dowodzą, że trzy populacje żółwi słoniowych żyjących na Santa Cruz (z południowego zachodu, południowego wschodu i północnego zachodu wyspy) nie tworzą kladu, lecz każda z nich jest bliżej spokrewniona z żółwiami z innych wysp niż z innymi populacjami żółwi z Santa Cruz. Według tych badań żółwie z południowego wschodu wyspy są najbliżej spokrewnione z żółwiami słoniowymi z wyspy San Cristóbal, żółwie z południowego zachodu – z kladem obejmującym żółwie z wysp Isabela i Floreana, a żółwie z północnego zachodu Santa Cruz – z żółwiami z wyspy Pinzón. Poulakakis i współpracownicy (2015) przenieśli populacje ze wschodniej części wyspy Santa Cruz do odrębnego gatunku, nazwanego przez autorów Chelonoidis donfaustoi. Chelonoidis niger vandenburghi lub Chelonoidis vandenburghi – wulkan Alcedo na Isabeli. Uznany za młodszy synonim C. niger vicina przez Pritcharda (1996) i przez Turtle Taxonomy Working Group;