Na początku ewangelicką posługę duszpasterską w mieście pełnili księża z pobliskich parafii. W 1787 zgodnie z postanowieniem króla Fryderyka Wilhelma II wybudowano kaplicę luterańską na 350 miejsc. Pierwszym miejscowym duszpasterzem, pełniącym również stanowisko ewangelickiego nauczyciela, został 28 listopada 1791 ks. Dietrich Gottfried Niedt. Samodzielna parafia powstała oficjalnie w 1792.
Nowy kościół ewangelicki w Biskupcu powstał w latach 1842-1848. Dodatkowo nabożeństwa odbywały się też w filialnych kaplicach w Czerwonce i Górowie.
W latach 20. XX wieku do parafii należało 1950 wiernych, którzy zamieszkiwali 45 miejscowości.
Po zakończeniu II wojny światowej w 1945 ewangelików z Biskupca otoczył opieką ks. Alfred Jagucki z parafii w Sorkwitach. Oficjalnie miejscowa parafia została reaktywowana z dniem 30 listopada 1947. Dotychczasowy kościół został zajęty przez katolików, dlatego nabożeństwa odbywały się w kaplicy. W późniejszym czasie kościół odzyskano.
Według danych z 31 marca 1949 parafia w Biskupcu mieszkało 157 ewangelików, a parafia posiadała kościół (zajęty przez parafię katolicką), dwa budynki mieszkalne, magazyn, dwa budynki gospodarcze, około 10 ha ziemi urwanej oraz cmentarz.