Morten Skoubo (ur. 30 czerwca 1980 w Holstebro) – piłkarz duński grający na pozycji napastnika.
Kariera klubowa Skoubo wychował się w klubie Struer Boldklub, a trenował również w juniorach Lemvig i Holstebro Boldklub. Następnie został zawodnikiem Ikast FS, który w 1999 roku został wchłonięty przez FC Midjtylland. W sezonie 1998/1999 zadebiutował w seniorach tego klubu, a w 2000 roku awansował z nim do pierwszej ligi duńskiej. W niej po raz pierwszy wystąpił 23 lipca 2000 roku w wygranym 4:0 domowym meczu z Lyngby BK. W sezonie 2001/2002 zdobył 19 goli w pierwszej lidze i należał do czołówki strzelców rozgrywek. W 2002 roku zajął z Midtjylland 3. miejsce w Superligaen.
Latem 2002 roku Skoubo odszedł do niemieckiej Borussii Mönchengladbach, a 24 sierpnia rozegrał swoje pierwsze spotkanie w Bundeslidze, wygrane 3:0 z 1. FC Kaiserslautern. W Borussii zdobył dwa gole i grał w niej także w rundzie jesiennej sezonu 2003/2004. Wiosną został wypożyczony do West Bromwich Albion, grającego w angielskiej Division One, jednak rozegrał tam zaledwie dwa spotkania.