Zjawił się w głównej kwaterze bezpieczeństwa i zażądał od pułkownika Ortegi, którego potraktował jak swego podwładnego, podpisania nakazów aresztowań członków Komitetu Wykonawczego POUM 16 czerwca 1937 Negrin zdelegalizował POUM i kazał aresztować członków jej Komitetu Wykonawczego. Stéphane Courtois, Jean-Louis Panné, Cień NKWD nad Hiszpanią, w: Stéphane Courtois, Nicolas Werth, Jean-Louis Panné, Andrzej Paczkowski, Karel Bartošek, Jean-Louis Margolin, Czarna księga komunizmu. Zbrodnie, terror, prześladowania, , s. 321-322.George Orwell, „W hołdzie Katalonii”..
W 1939, po porażce republikanów wojnie domowej, Largo Caballero – jak większość przegranych – udaje się na emigrację do Francji. Kiedy w 1940 Francję zajmują wojska III Rzeszy, zostaje aresztowany i osadzony w obozie koncentracyjnym w Sachsenhausen, w którym pozostał aż do wyzwolenia go przez Armię Czerwoną. Zmarł na wygnaniu w Paryżu 23 marca 1946. Na jego pogrzeb na cmentarzu Père-Lachaise przyszły tysiące Francuzów i hiszpańskich emigrantów. W 1978, po ponownym ustanowieniu w Hiszpanii ustroju demokratycznego, jego prochy zostały sprowadzone do rodzinnego Madrytu, gdzie odbył się ponowny pogrzeb, w którym wzięło udział około 500 tysięcy osób.