Przez ponad sto lat klasztor niszczał.
Pierwsza próba odbudowy Idea odbudowy klasztoru odżyła w okresie Polskiego Października 1956 roku. Wielkim entuzjastą odbudowy był Tadeusz Żurowski – generalny konserwator zabytków archeologicznych w Ministerstwie Kultury i Sztuki (zagórzanin z pochodzenia). Dzięki jego staraniom Wojewódzki Konserwator Zabytków wiosną 1957 r. wyraził zgodę na odbudowanie klasztornej warowni. Żurowski przygotował z urzędu plany odbudowy i zabezpieczenia całości inwestycji, zlecając kierowanie pracami Marianowi Wierzbińskiemu z Sanoka. Na konsultanta powołany został Stefan Stefański – dyrektor Muzeum Historycznego w SanokuZagórz. Klasztor w Zagórzu / Warto zobaczyć / Twoje Bieszczady. Prowincja karmelitańska oddelegowała do Zagórza zakonników: Józefa od MB z Góry Karmel (Jan Prus), Wawrzyńca Radkiewicza, a potem Aureliusza Balonka. Pomoc w odbudowie okazali: proboszcz zagórski ks. Adam Fuksa i ks. prałat Antoni Porębski z Sanoka.
Urządzono ponowny pogrzeb zakonników zmarłych w XVIII i XIX stuleciu ponieważ podziemne krypty zostały splądrowane przez poszukiwaczy skarbów. Aby w przyszłości uniemożliwić dostęp do rozległych podziemi, zamurowano je.