Lipsk rozwijał się szybko do połowy XVII wieku, później ogarnął go kryzys związany z konfliktami wojennymi XVII i XVIII wieku, w 1655 przemarsz wojsk szwedzkich spowodował liczne grabieże i zniszczenie miastaPiotr Skurzyński, Warmia, Mazury, Suwalszczyzna, Wyd. Sport i Turystyka – Muza S.A. Warszawa 2004 , s. 388.. W 1795 r. Lipsk znalazł się w zaborze pruskim. W 1807 r. wszedł do Księstwa Warszawskiego, a w 1815 r. do Królestwa Kongresowego.
Lipsk utracił prawa miejskie i wraz z częścią gminy Kurjanka tworzył nową gminę PetropawłowskPostanowienie z 27 lutego (11 marca) 1870, ogłoszone 19 (31) maja 1870 (Dziennik Praw, rok 1870, tom 70, nr 241, s. 93)..
2 sierpnia 1914 r. został wyświęcony w Lipsku istniejący do dziś neogotycki kościół parafii katolickiej. Jego budowę rozpoczęto w 1906 r. W czasie I wojny światowej miejscowość została w znacznej części zniszczona.