nie jest wyjaśnione, na ile stało się to za zgodą kompozytora).
Treść thumb|Fiodor Szalapin jako Borys Godunow thumb|Projekt dekoracji dla sceny w Klasztorze Nowodziewiczym thumb|Projekt dekoracji dla sceny w karczmie thumb|Projekt dekoracji Pałacu Kremlowskiego
Prolog Dziedziniec Monasteru Nowodziewiczego pod Moskwą. Tłum zbiera się przed klasztorem, gdzie czasowo mieszka stary Borys Godunow. Na polecenie szefa prystawów Nikitycza lud klęka, prosząc Borysa, by został nowym carem. Andriej Szczełkałow, sekretarz Dumy, ogłasza konsekwentną odmowę Borysa i prosi lud, by modlił się o zmianę zdania przez niego. Procesja pielgrzymów śpiewa hymn, nawołując lud do skończenia z anarchią w kraju.
Plac Katedralny na Kremlu. Przy dźwięku dzwonów Wasyl Szujski nakazuje ludowi chwalenie cara Borysa. Po procesji bojarów pojawia się sam Borys Godunow, prosząc o boże błogosławieństwo dla swoich rządów. Tłum śpiewa pochwałę nowego władcy, który zaprasza wszystkich na tradycyjną ucztę, sam udając się na modlitwę. Prystawi starają się utrzymać porządek w tłumie.