Pałac Kremlowski. Trwa sesja Dumy. Bojarzy głosują nad losem Samozwańca, postanawiając skazać go na śmierć razem ze wszystkimi zwolennikami. Pojawia się Szujski, opowiadając – początkowo ku ogólnemu niedowierzaniu – że widział cara odpędzającego od siebie widmo dziecka. Jednak na potwierdzenie jego słów pojawia się w takim właśnie stanie sam Borys. Bojarzy są przerażeni. Wchodzi Pimen, by opowiedzieć o ślepcu, który we śnie usłyszał głos carewicza, modlił się następnie na jego grobie i odzyskał wzrok. Historia ta staje się ostatecznym ciosem dla Borysa, który wzywa swojego syna, udziela mu ostatnich rad i umiera.
Odbiór thumb|Fragment partytury opery Jako idący najdalej w wykorzystywaniu tradycyjnej muzyki rosyjskiej z całej Potężnej Gromadki, Musorgski był też najczęstszym celem ostrych ataków ze strony muzycznych konserwatystów. Borys Godunow, chociaż dobrze przyjęty przez publiczność, stał się kolejnym powodem tych ataków. Piotr Czajkowski uznał Musorgskiego za „muzycznego analfabetę, który jest dumny ze swojej ignorancji”. Inni krytycy pisali o operze jako zbyt głośnej, ocierającej się o kakofonię, chaotycznej. Nawet Cezar Cui, który nie dostrzegł w Borysie Godunowie ogromnego kroku naprzód w muzycznej dramaturgii i ekspresji określił dzieło jako niedojrzałe i nierówne.