Przed przechowaniem konieczne jest przesuszenie owoców, które zbierane wcześniej mają zwykle zbyt dużą wilgotność. Owoce do przechowywania, jak i do spożycia, suszy się do momentu osiągnięcia 15% zawartości wody w stosunku do owoców świeżych. Suszenia nie należy przeprowadzać na słońcu. Najczęściej orzechy suszy się w dobrze wentylowanych pomieszczeniach w temperaturze pokojowej. Proces ten trwa na ogół około dwóch tygodni.
Wysuszone owoce można przechowywać w temperaturze pokojowej około czterech miesięcy. W lodówce można je przechowywać około pół roku. W chłodni w temperaturze 0 °C owoce mogą być przechowywane 1–2 lata. Dłuższe przechowywanie powoduje utratę jakości owoców związaną z przemianami tłuszczowymi prowadzącymi do jełczenia. Z powodu łatwego pochłaniania obcych zapachów zaleca się przechowywać pekany w łupinach.
Ochrona