Złożył dymisję z zajmowanego stanowiska po rozpadzie koalicji rządowej AWS-UW, urząd ministra sprawował do 30 czerwca 2000Postanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 30 czerwca 2000 r. o zmianie w składzie Rady Ministrów ()..
W wyborach do Parlamentu Europejskiego 13 czerwca 2004 został wybrany europosłem z komitetu Unii Wolności, zdobywając w okręgu warszawskim największą liczbę głosów (również wśród Polonii). W Parlamencie Europejskim wchodził w skład frakcji Porozumienia Liberałów i Demokratów na rzecz Europy. W 2007 odmówił złożenia oświadczenia lustracyjnego, tłumacząc, że zrobił to w 2004.
Był jednym ze współautorów listu otwartego z 5 lipca 2006, w którym byli ministrowie spraw zagranicznych w rządach III RP protestowali wobec odwołania przez prezydenta Lecha Kaczyńskiego szczytu weimarskiego w czerwcu 2006 i krytykowali charakter polityki zagranicznej w relacjach polsko-niemieckich.