Obie odmiany wodnosamolotu kierowano sukcesywnie do jednostek lotniczych niemieckiej marynarki wojennej. Do końca I wojny światowej wyprodukowano łącznie 261 wodnosamolotów Friedrichshafen FF.49, obu odmian, z tej liczby w lotnictwie niemieckim znalazło się 37 wodnosamolotów FF.49B i 215 wodnosamolotów FF.49C.
Użycie samolotu w lotnictwie polskim Jeden wodnosamolot Friedrichshafen FF.49B został w 1920 roku zakupiony w niemieckiej prywatnej firmie inż. Utgoffa. Skierowano go na wyposażenie Bazy Lotnictwa Morskiego w Pucku, gdzie używany był do szkolenia w Szkole Lotnictwa Morskiego. Eksploatowano go do 1924 roku.
Opis techniczny Wodnosamolot Friedrichshafen FF.49B był ciężkim dwumiejscowym wodnosamolotem bombowym, dwupłatem o konstrukcji mieszanej. Podwozie pływakowe – stałe. Napęd silnik rzędowy. Śmigło dwułopatowe, drewniane.