Johann Jakob Kaup (ur. 10 kwietnia 1803 w Darmstadt, zm. 4 lipca 1873 tamże) – niemiecki przyrodnik i paleontolog.

Życiorys Urodził się w Darmstadt w Hesji. Po studiach odbytych w Getyndze i Heidelbergu przeniósł się na dwa lata do Lejdy, gdzie prowadził badania nad płazami i rybami. Po powrocie do Darmstadt został asystentem w książęcym muzeum. W 1840 został inspektorem w tej samej placówce muzealnej.

W 1829 opublikował Skizze zur Entwickelungsgeschichte der europäischen Thierwelt, w których ocenił świat zwierząt jako konsekwencję rozwoju od form prostszych do bardziej złożonych – od płazów, poprzez ptaki do zwierząt preriowych. Następnie jednak uznał swoje zapatrywania jako mrzonki okresu młodości. Gdy Karol Darwin wydał O powstawaniu gatunków, Kaup ogłosił się negatywnie nastawionym do nowej teorii.

Liczne skamieniałości występujące w okolicach Darmstadt stworzyły możliwość badań paleontologicznych. Kaup zyskał sławę dzięki Beiträge zur näheren Kenntniss der urweltlichen Säugethiere publikowanej w latach 1855–1862. W latach 1842–1844 wraz z wydawał Die Gavial-artigen Reste aus dem Lias. Kaup zmarł w Darmstadt w 1873.