Wyeliminowanie Krakiewicza, ich przedstawiciela, oraz nierozwiązana sprawa w I zborze warszawskim były powodem rosnącego niezadowolenia wśród wolnych chrześcijan. Najpierw przeprowadzili sondażowe rozmowy z PKChB o ewentualnej możliwości akcesu. Uczestnikom tego spotkania Prezydium ZKE udzieliło nagany. W tej sytuacji wolni chrześcijanie w oświadczeniu skierowanym do Prezydium Kościoła zarzucili, że trwa „akcja przechwytywania zborów przez ruch zielonoświątkowy” i wskazywali na przykłady „przejętych” lub majoryzowanych zborów. Domagali się większej swobody dla poszczególnych ugrupowań, nie podobał im się dyktat ze strony Prezydium i żądali reorganizacji Kościoła. Ponieważ stawiane warunki nie zostały spełnione, 30 grudnia 1980 przesłano pismo do Urzędu ds. Wyznań z wnioskiem o rejestrację.
W roku 1981 wolni chrześcijanie po opuszczeniu ZKE utworzyli Kościół Wolnych Chrześcijan, który został zarejestrowany jako związek wyznaniowy. Po wprowadzeniu stanu wojennego, w październiku 1982 roku podczas spotkania z ministrem Adamem Łopatką, kierownikiem Urzędu do Spraw Wyznań przewodniczący Rady Kościoła Józef Folwarczny z uznaniem odniósł się do idei Patriotycznego Ruchu Odrodzenia Narodowego oraz pozytywnie ocenił działania rządu.