Polecenia programu JUNET wydaje się za pomocą pojedynczych liter, wyróżnionych na liście dostępnych poleceń, wyświetlanej na ekranie komputera. Polecenia JUNET są podzielone na grupy funkcjonalne ułatwiające pracę: dyski Katalog – wyświetlanie katalogu dyskietki lub katalogów dyskietek, dla jednego lub wielu użytkowników Zmiana – polecenie wydawane przed zmianą dyskietki w napędzie, w celu zamknięcia otwartych przez użytkowników sieciowych plików pliki Wyświetlanie – wyświetlenie pliku tekstowego dowolnego użytkownika Drukowanie – drukowanie oraz ustawienia drukowania funkcje sieciowe Ekran użytkownika – wyświetlenie na komputerze nauczycielskim ekranu komputera dowolnego użytkownika Nadanie komunikatu – wysłanie komunikatu tekstowego do użytkownika, grupy lub wszystkich użytkowników Rozesłanie programu – rozesłanie programu do stacji roboczych, wybranej grupy lub wszystkich Rozesłanie systemu – rozesłanie systemu, stosowanie niezbędne tylko, gdy nastąpi reset jednego lub kilku komputerów użytkownicy Aktualna konfiguracja – wyświetlenie aktualnej konfiguracji użytkowników Identyfikatory – zmiana identyfikatorów użytkowników, listy użytkowników mogą być pamiętane w plikach Odłączanie – odłączenie (logiczne) użytkownika od sieci Przyłączanie – przyłączenie(logiczne) użytkownika do sieci Tryb lokalny – wyłączenie