6 listopada 1939 roku wraz z innymi profesorami został aresztowany w ramach Sonderaktion Krakau i wywieziony do obozu koncentracyjnego Sachsenhausen. Po trzech miesiącach w lutym 1940 powrócił do Krakowa. Wcześniej zajmowanego stanowiska nie odzyskał, ale otworzył przy Ubezpieczalni Społecznej nową placówkę kardiologiczną. Po wyzwoleniu Krakowa powrócił do swojego stanowiska w Szpitalu św. Łazarza. W lipcu 1945 roku został członkiem korespondentem PAU. Otrzymał również nominację na stanowisko kierownika II Kliniki Chorób Wewnętrznych Uniwersytetu Wrocławskiego nie zdążył objąć tego stanowiska z powodu śmierci. Odznaczony Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia PolskiJerzy Lisiewicz, Andrzej Zduńczyk Aleksander Oszacki [w:] Polski Słownik Biograficzny tom XXIV wyd. 1979 s. 601 – 602. Pochowany został na cmentarzu Salwatorskim (sektor SC9, rząd C, miejsce 8)Lokalizacja grobu na Liście Pamięci UJ mały|Grób Jana i Aleksandra Oszackich na Cmentarzu Salwatorskim Jego nowatorstwo w pracach badawczych wywierało olbrzymi wpływ na otoczenie naukowe. Dorobek naukowy Aleksandra Oszackiego obejmuje 42 publikacje m.in.