W ramach restrukturyzacji PKP dyktowanej transformacją systemową i gospodarczą kraju, a w konsekwencji komercjalizacją istniejących przedsiębiorstw państwowych, wyodrębniono w 2001 roku z PKP spółki infrastrukturalne i przewozowe, m.in. PKP Intercity dla prowadzenia pociągów kwalifikowanych i PKP Przewozy Regionalne dla obsługi pociągów osobowych i pospiesznych, jednocześnie tworząc grupę kapitałową PKP. Przyjętymi później regulacjami ustawowymi podzielono odpowiedzialność za organizację poszczególnych połączeń objętych dotacją, pozostawiając organizację połączeń kwalifikowanych i międzywojewódzkich ministerstwu odpowiedzialnemu za transport i powierzając organizację połączeń osobowych samorządom wojewódzkim.
Bezpośrednio po reformie z 2001 roku stopniowo zastąpiono pociągi Interregio pospiesznymi.
Oprócz realizacji połączeń zleconych i dotowanych przez organizatora, przewoźnicy mogli uruchamiać na własne ryzyko pociągi komercyjne nieobjęte dofinansowaniem.