Pierwszy pociąg kategorii Interregio kursował od 1 marca 2009 roku w relacji Warszawa – Białystok. Początkowo pociągi IR kursowały jedynie w dni wolne, a później już codziennie. Pod koniec 2009 roku PR uruchamiały 46 pociągów IR dziennie. Pociągi kursowały m.in. do Krakowa, Olsztyna, Bydgoszczy, Łodzi, Wrocławia, Rzeszowa, Przemyśla, Poznania, Szczecina i Trójmiasta.
Wraz z wprowadzeniem rocznego rozkładu jazdy 2009/2010 spółka Przewozy Regionalne nadała pociągom IR nazwy, które uprzednio nosiły pociągi pospieszne PKP Intercity przed włączeniem ich w portfolio marki Tanie Linie Kolejowe.
4 maja 2010 roku PKP Polskie Linie Kolejowe zapowiedziały zablokowanie wyjazdu pociągów na swoją sieć z powodu zaległości finansowych przewoźnika wobec zarządcy infrastruktury. Decyzja ta spotkała się z protestami pasażerów. Ostatecznie w dniu 4 maja 2010 nie wyjechało na trasy 48 pociągów. Od 5 maja ponownie kursowały 2 pociągi Interregio dotowane przez marszałków województw. Pomiędzy 14 maja a 17 maja wszystkie pociągi IR wróciły chwilowo na trasy, natomiast na 1 czerwca 2010 zapowiedziano ostateczny powrót do dotychczasowego rozkładu..