Speedy Comet wyznacza czas na zdobycie Power Star, Daredevil Comet powoduje zredukowanie maksymalnego życia do jednej jednostki, Cosmic Comet umożliwia wyścig z Cosmic Mario (kosmicznym sobowtórem), Fast Foe Comet powoduje dwukrotne przyspieszenie wszystkich przeciwników, a Purple Comet tworzy 100 lub 150 Purple Coins (czasami ta misja jest również ograniczona czasowo). W grze pojawia się szereg nowych rodzajów power-upów. Bee Mushroom (włochaty grzyb w brązowo żółte paski) pozwala na zamianę w pszczołę, Boo Mushroom (biały grzyb wraz z elementami twarzy Boo) zamieniający bohatera w niego, Spring Mushroom (grzyb z kapeluszem ze sprężyny), który powoduje, że postać jest owinięta sprężyną, grzyb z pomarańczowymi plamkami w kształcie gwiazd powodujący zwiększenie jednostek życia do sześciu oraz Red Star (czerwona gwiazda), która tymczasowo pozwala bohaterowi na swobodne latanie. Są także power-upy, które powracają z gier dwuwymiarowych. Są to Fire Flower, który pozwala na rzucanie kul ognia i Rainbow Star, dzięki któremu postać jest tymczasowo nietykalna.