Kiedy pożywienie opuści już wole, trafia do przedniej części żołądka, tzn. żołądka gruczołowego. Tutaj miesza się ze śluzem, kwasem solnym i pepsyną, która rozkłada białka złożone na aminokwasy i białka proste. Dalej pokarm trafia do bardzo silnie umięśnionego żołądka mięśniowego. Grubość ścianki zależy od diety ptaka. Papugi zjadające głównie suche nasiona mają grube ścianki, a u ptaków zjadających nektar ścianki są cienkie. Często ptaki nasionożerne połykają drobne kamyczki, tzw. gastrolity, które pomagają mu rozcierać pożywienie. Zapobiegają także zbrylaniu się pokarmu, co mogłoby powodować zaparcia.
Ptasie jelita nie są tak rozwinięte jak ssacze. Trzustka jest jakby wciśnięta między pętle dwunastnicy, do której dochodzą również przewody żółciowe z wątroby. W trawieniu pokarmu przez ptaki enzymy, które wytwarza trzustka, są bardzo ważne, ponieważ biorą udział w chemicznym dzieleniu substancji odżywczych na składniki. Mogą być wtedy wchłonięte i wykorzystane przez organizm ptaka. Potem pokarm trafia do jelita ślepego, jest ono szczególnie dobrze rozwinięte u ptaków roślinożernych. Natomiast i papug jest słabo rozwinięte, a u innych grup ptaków, np. kolibrów są szczątkowe. Ostatnim odcinkiem przewodu pokarmowego jest jelito proste.