Emmanuel Jonnier (ur. 31 maja 1975 w Dijon) – francuski biegacz narciarski, zawodnik klubu ÉMHM St Claude.
Kariera Po raz pierwszy na arenie międzynarodowej Emmanuel Jonnier pojawił się 10 stycznia 1998 roku podczas zawodów FIS Race w L’Argentière-la-Bessée, gdzie w biegu na 10 km techniką klasyczną zajął 37. miejsce. Nie brał udziału w mistrzostwach świata juniorów, ani U-23. W Pucharze Świata zadebiutował 14 lutego 1999 roku w Seefeld, zajmując 72. miejsce w biegu na 10 km stylem dowolnym. Pierwsze pucharowe punkty zdobył 10 stycznia 2001 roku w Soldier Hollow, gdzie zajął 21. miejsce w biegu na 30 km stylem dowolnym. Jonnier trzykrotnie stawał na podium zawodów PŚ: 20 stycznia 2007 roku w Rybińsku był drugi, a 16 lutego w Changchun i 24 marca 2007 roku w Falun zajmował trzecie miejsce. W klasyfikacji generalnej najlepiej wypadł w sezonach 2005/2006 i 2006/2007, które ukończył na 21. miejscu. W 2001 roku wziął udział w mistrzostwach świata w Lahti, gdzie zajął 25. miejsce na dystansie 50 km stylem dowolnym i 27. miejsce w sprincie stylem dowolnym. Najlepsze wyniki na imprezach tego cyklu osiągnął podczas rozgrywanych w 2005 roku mistrzostw świata w Oberstdorfie, gdzie w sprincie drużynowym był piąty, a w sztafecie szósty.