W celu wzmocnienia skojarzeń z siedemnastowieczną moskiewską architekturą sakralną nad oknami w bębnie głównej kopuły i dzwonnicy umieszczono białe łuki o kształcie kokoszników, zaś archiwolty drzwi i okiem wsparto na białych kolumienkach. Pomieszczenie ołtarzowe cerkwi zamknięte jest poligonalnie.
Cerkiew w Bończy nie jest pod względem architektonicznym oryginalna. Identyczny projekt wykorzystano przy budowie cerkwi w Gnojnie, Babicach, Teratynie, Kalinówce i Horyszowie Ruskim. Wszystkie wymienione świątynie zostały oddane do użytku między rokiem 1881 a 1883, przy czym cerkiew w Bończy była jednym z pierwszych obiektów tego typu. Wznoszenie w różnych miejscowościach identycznych cerkwi było rozpowszechnioną praktyką w budownictwie sakralnym ostatnich dekad istnienia Imperium Rosyjskiego. Z kolei dekoracyjny detal, nawiązujący do sztuki moskiewskiej, w bardziej rozbudowanej wersji został powtórzony w cerkwi Zaśnięcia Matki Bożej w Hrubieszowie.