Zabroniono funkcjonowania organizacji greckokatolickich, zaś księży ogłoszono „społecznie nieprzydatnymi” i obłożono wysokimi podatkami, do 15 tys. rubli rocznie. Metropolita osobiście interweniował u Nikity Chruszczowa w sprawie tych obciążeń, uzyskując niewielkie obniżki.
Metropolita Andrzej Szeptycki wydał 9 października 1939 list pasterski, w którym podkreślał trudność nowej sytuacji Kościoła i podkreślał konieczność kształcenia dzieci i młodzieży w duchu wiary greckokatolickiej. Kilka miesięcy później zaapelował do kapłanów, by nie angażowali się otwarcie po stronie żadnej siły politycznej, by uniknąć dalszych represji. Szeptycki zezwolił również na odprawianie nabożeństw w prywatnych domach i złagodził zasady udzielania dyspensy dla zakonników na przebywanie poza klasztorem. Fakt, iż ateizacja społeczeństwa nie postępowała w spodziewanym przez władze stalinowskie tempie, skłonił władze do zwiększenia nakładów na kampanię antyreligijną prowadzoną przez media, komunistyczne organizacje młodzieżowe oraz Związek Wojujących Bezbożników. Zwiększono również nacisk na szkoły, by wprowadziły do programów treści ateistyczne i uczyniono tradycyjne święta dniami roboczymi.