księstwem opolsko-raciborskim włada Ferdynand I przez wyznaczonego starostę. W roku 1552 wielki pożar trawi połowę miasta położoną pomiędzy rynkiem a Bramą Krakowską. W roku 1555 Żory zdziesiątkowała epidemia dżumy. W roku 1569 luteranie przejęli świątynię murowaną. W roku 1627 podczas wojny trzydziestoletniej protestanckie wojska pod dowództwem Petera Ernesta von Mansfeld zajmują Żory. Następnie katolickie wojska Albrechta Wallensteina zdobywają i rabują miasto. W dniu 5 marca 1629 roku na mocy edyktu restytucyjnego króla Czech i Węgier oraz cesarza Ferdynanda II Habsburga, dokonano katolikom zwrotu części dóbr zsekularyzowanych po roku 1552. Na mocy tego edyktu świątynia murowana powraca do wyznawców Kościoła rzymskokatolickiego. 3 maja 1645 na mocy układu warszawskiego pomiędzy królem Władysławem IV a cesarzem Ferdynandem III Wazowie nabyli tytułem zastawu ziemie księstwa opolsko-raciborskiego. Zgodnie z tym układem zastaw, o ile wcześniej nie zostałby wykupiony, wygasłby po upływie 50 lat od dnia zawarcia, chyba żeby wcześniej wygasła linia polskich Wazów. Ostatecznie został on wykupiony w 1666 r.