Po zamachu stanu w sierpniu 2008, Bu al-Chajr stwierdził, że nadal uznaje za głowę państwa uwięzionego przez juntę wojskową prezydenta Abdallahiego, AFP, 10 sierpnia 2008.. Powszechny Sojusz Postępowy przystąpił zaś do Narodowego Frontu Obrony Demokracji, koalicji partii sprzeciwiających się zamachowi stanu i rządom junty, AFP, 8 sierpnia 2008.. Bu al-Chajr 10 listopada 2008 zbojkotował również pierwsze posiedzenie Zgromadzenia Narodowego, zwołane po wojskowym zamachu stanu„Mauritanian Parliament Meets Without Pro-Democracy Chairman”, VOA News, 11 listopada 2008..
Bu al-Chajr, po podpisaniu porozumienia 4 czerwca 2009 między władzą a opozycją o przesunięciu terminu wyborów prezydenckich, zdecydował się na uczestnictwo w nich. W czasie kampanii wyborczej wzywał do zerwania z tradycją zamachów wojskowych i obrania przez kraj „nowej ścieżki demokracji, jedności i solidarności”„Mauritanians vote for president under military rule”, AFP, 18 lipca 2009.. W wyborach prezydenckich z 18 lipca 2009 zajął drugie miejsce. Zdecydowane zwycięstwo odniósł Muhammad uld Abd al-Aziz. Według oficjalnych wyników zdobył aż 52,6% głosów poparcia i tym samym wygrał już w pierwszej turze głosowania. Bu al-Chajr oraz inny kandydat opozycji Ahmad uld Daddah zdobyli odpowiednio 16,3% oraz 13,7% głosów poparcia.