Następnie w struktury bazy zostały włączone następujące składy: Skład Łomża po rozformowanej 1 Rejonowej Składnicy Technicznej w Łomży, z dniem 1 kwietnia 1999 roku Skład Hajnówka po rozformowanej 2 Centralnej Składnicy Materiałów Wybuchowych w Hajnówce, z dniem 1 stycznia 2000 roku Skład Bezwola po rozformowaniu 12 RBM w Jawidzu, z dniem 1 czerwca 2003 roku
W czasie zmian organizacyjnych w Siłach Zbrojnych RP 9 RBM zmieniała swoje podporządkowanie: z dniem 1 stycznia 1998 roku została podporządkowana Komendantowi Rejonu Logistycznego "Warszawa" z dniem 1 lipca 2001 roku 9 RBM podporządkowano Dowódcy Pomorskiego Okręgu Wojskowego (POW) z dniem 1 lipca 2007 wraz z innymi jednostkami POW Baza została włączona w struktury Inspektoratu Wsparcia SZ (IW SZ)
Z dniem 30 czerwca 2004 roku zlikwidowano Skład Łomża.
Zgodnie z rozkazem Dowódcy Warszawskiego Okręgu Wojskowego z lipca 1996 roku polecenie sformowania 9 RBM otrzymał kierownik 2 Rejonowej Składnicy Kwatermistrzowskiej, płk dypl. mgr Jerzy Kubicki, który następnie został jej pierwszym komendantem.