W kadrze „Squadra Azzurra” rozegrał łącznie trzy spotkania.
Choroba 5 września 2008 ogłoszono, iż Borgonovo cierpi na chorobę stwardnienie zanikowe boczne, zwane w skrócie ALS. To właśnie po tej chorobie zmarli inny włoski piłkarz Gianluca Signorini w 2002 roku i Polak Krzysztof Nowak w 2005 roku.
8 października 2008 na Stadio Artemio Franchi we Florencji rozegrano mecz pomiędzy Fiorentiną a Milanem. Dochód ze spotkania przeznaczono na leczenie Borgonovo, który pojawił się na meczu na wózku inwalidzkim, a pomagał mu kolega z boiska, Roberto Baggio.
W swojej wydanej w 2010 roku autobiografii, Carlo Ancelotti: „Piękne Występy Zwykłego Geniusza: Życie, Mecze i Cudy Zwykłego Geniusza”, manager Chelsea, Carlo Ancelotti wypowiedział się na temat choroby, która nękała jego byłego kolegę z drużyny, mówiąc: „Stefano był moim kolegą i ma problem. Wszyscy musimy mu pomóc, ponieważ gdzieś może istnieć lekarstwo na tę chorobę, ale musimy działać szybko, bo jego stan nie jest dobry. Nie może się poruszać, musi się porozumiewać za pomocą oczu. Strzelił bramkę w półfinale Pucharu Europy w 1990 przeciwko Bayernowi i dobrze sobie radził pod polem karnym rywala. Nie był specjalnie szybki, ale niesamowicie sprytny.