Następnego dnia, 12 marca, wobec kolejnej odmowy otwarcia bram, oblegający zaczęli ostrzeliwać klasztor i rąbać siekierami furtę. Powstrzymały ich jednak strzały z dwóch posiadanych przez Polaków karabinów maszynowych. Wówczas dowództwo ukraińskiego oddziału zażądało opuszczenia budynków przez wszystkich ukrywających się tam Polaków, z wyjątkiem zakonników, obiecując wypuścić ich wolno. Kiedy Polacy zaczęli wychodzić z klasztoru, upowcy otworzyli ogień. Powstało ogólne zamieszanie, w którym napastnicy przedarli się do wnętrza klasztoru.
W dalszym toku wydarzeń zamordowanych zostało ok. 100 Polaków, nie licząc osób ukrywających się poza klasztorem na terenie Podkamienia. Ciała ofiar były porzucane w miejscu zabójstwa lub wrzucane do klasztornej studni. Części osób udało się przetrwać w kryjówce na strychu.