Po wyborach, ogłosił iż w trakcie zliczania głosów doszło do fałszerstw i bezskutecznie domagał się ponownego przeliczenia głosów.

W 2002 założył Instytucjonalną Partię Odnowy Akcji Narodowej (PRIAN, Partido Renovador Institucional de Acción Nacional). W tym samym roku po raz drugi uczestniczył w wyborach prezydenckich. W pierwszej turze z 20 października 2002 zdobył 17,4% głosów i zajął drugie miejsce za Lucio Gutiérrezem (20,3%). W drugiej turze z 24 listopada 2002 przegrał z Gutiérrezem stosunkiem głosów 45,2% do 54,8%Election Guide.

W 2006 po raz trzeci ubiegał się o prezydenturę. W pierwszej turze wyborów 15 października 2006, zwyciężył (26,8% głosów) z Rafaelem Correą (22,8%). W drugiej turze 26 listopada 2006 przegrał jednak z Correą stosunkiem głosów 43,33% do 56,67%Elections Guide.

Ponownie startował w kolejnych wyborach prezydenckich w 2009. 10 lutego 2009 został oficjalnie jednym z ośmiu kandydatów, ubiegających się o najwyższy urząd w kraju"Eight Ecuadorians Run for President", Ecuador Rising, 11 lutego 2009..