Według Józefa Nyki potok ten nazywany był przez miejscową ludność Pieńskim Potokiem. Nazwa ta w dokumentach pisanych znana jest już z 1626. W literaturze jednak ostatnio coraz częściej wprowadza się nazwę Pieniński Potok. Jego doliną chodzono ok. 1860 do Zamku Pieniny, w 1907 wyznakowano nawet wzdłuż potoku szlak turystyczny. W 1930 teren ten został wykupiony od prywatnych właścicieli, a cały obszar doliny włączony do Pienińskiego Parku Narodowego. W 1948 uznany został za matecznik dzikiej zwierzyny. Już w 1626 w dokumencie przy nazwie Pieńskiego Potoku znajduje się zapis: „zostawić go w pokoju dla zamrożenia zwierza na potrzebę zamkową”.

W pobliżu potoku, w miejscu, gdzie przecina go żółty szlak wiodący z Krościenka na Przełęcz Szopka, leży kamień z napisem „Wojtek 1-3-1963”, upamiętniający nagłą śmierć w tym miejscu i w tym dniu strażnika Pienińskiego Parku Narodowego Wojciecha Regieca.

Przyroda Porasta ją bujny las mieszany, w stromych zboczach znajdują się białe ściany wapienne porośnięte bogatą florą roślin wapieniolubnych. W korycie potoku oprócz pospolitego lepiężnika białego zdarza się rzadki litwor arcydzięgiel.