Już w grudniu 1933 Flick wiedział, że jego zakłady w Lipsku przestawione będą na produkcję lotniczą, zgodnie z postanowieniem Hitlera o rozbudowie Luftwaffe. Na wiosnę 1934 Flick otrzymał pierwsze zamówienie od wojsk lądowych, niedługo potem od dowództwa marynarki wojennej. Flick w 1933 zwiększył wsparcie finansowe dla nazistów i w ciągu następnych 10 lat przekazał NSDAP 7 mln marek. Jako członek koła przyjaciół Heinricha Himmlera, dofinansowywał działalność SS w latach 1936–1944 sumą 100 tys. marek rocznie. W 1937 oficjalnie wstąpił do NSDAP i otrzymał stanowisko (pol. Lider przemysłu obronnego), a jego fabryki zatrudniały wówczas 85 tys. osób. Pozostawał w przyjaznych stosunkach z Göringiem, co pozwalało mu, korzystając z wprowadzonych przepisów o „uaryjnianiu” przemysłu, wykupywać po zaniżonych cenach należące do niemieckich Żydów stalownie, huty i kopalnie. W 1938 przepisał na Göringa 1/3 udziałów kopalni Harpener Bergbau AG, w zamian za co przejął poddane „aryzacji” kopalnie Anhaltische Kohlenwerke-Werschen Weissenfelser AG czesko-żydowskiej rodziny Petschek.