W listopadzie 2004 objął funkcję następcy tronu emiratu Abu Zabi, po tym jak tron objął jego starszy brat Chalifa ibn Zajid Al Nahajjan. W grudniu 2004 został przewodniczącym Rady Wykonawczej emiratu Abu Zabi. W styczniu 2005 objął stanowisko zastępcy Najwyższego Dowódcy Sił Zbrojnych ZEA.
Muhammad ibn Zajid Al Nahajjan pełnił również funkcję doradcy emira Abu Zabi ds. bezpieczeństwa. Wchodzi w skład Najwyższej Rady Naftowej, która sprawuje jurysdykcję nad całym sektorem naftowym ZEA. Stał na czele Mubadala Development Company, najważniejszej państwowej spółki inwestycyjnej, Rady Edukacji Abu Zabi, zajmującej się sprawami edukacji i rozwoju zawodowego oraz Rady Abu Zabi ds. Rozwoju Gospodarczego.
Po śmierci brata 13 maja 2022 został kolejnym emirem Abu Zabi, a dzień później objął funkcję prezydenta Zjednoczonych Emiratów Arabskich.
Odznaczenia Oficer Orderu Tronu (Maroko, 1986) Wielki Oficer Legii Honorowej (Francja, 2002) Order Zasługi Republiki Federalnej Niemiec (2008) Order Zasługi Cywilnej - Hiszpania (2008) Order św. Michała i św.