Został też wicedyrektorem do spraw naukowych w Instytucie Nauk Politycznych na tej uczelni, a w 2012 został wybrany na dziekana Wydziału Zarządzania i Administracji, przekształconego w 2015 w Wydział Prawa, Administracji i Zarządzania; w 2016 uzyskał reelekcję na to stanowisko. Został też redaktorem naukowym „Studiów Humanistyczno-Społecznych”.
W 2016 rozpoczął się jego proces lustracyjny z inicjatywy Instytutu Pamięci Narodowej zarzucającego mu złożenie niezgodnego z prawdą oświadczenia lustracyjnego (w 2008 Wojciech Saletra zaprzeczył w nim, by był tajnym współpracownikiem SB). W 2017 Sąd Okręgowy w Kielcach w pierwszej instancji uznał go w tej sprawie za tzw. kłamcę lustracyjnego. W tym samym roku utracił stanowisko dziekana w związku z prawomocnym wyrokiem w tej sprawie.