W 1943 Żywa Cerkiew posiadała nadal jedynie 13 hierarchów oraz 10 popierających ją emerytowanych biskupów. Już w 1945 liczba ta spadła do ogółem trzech biskupów, w tym jednego emerytowanego. Metropolita Moskwy Aleksandr Wwiedeński miał pod swoją kontrolą tylko cerkiew św. Pimena w Moskwie. Jego śmierć 8 czerwca 1946 – bez pogodzenia się z Cerkwią – uznawana jest za ostateczny koniec ruchu.
Struktura Żywa Cerkiew nie wytworzyła trwałej struktury administracyjnej. Jej organy wielokrotnie zmieniały nazwę, by wyrazić panujące w ruchu tendencje (początkowo reforma, a następnie upodabnianie się do tradycyjnego prawosławia). Najwyższy, kolegialny organ używał kolejno nazw Wyższa Administracja Cerkiewna, Wyższa Rada Cerkiewna, następnie Święty Synod Cerkwi Prawosławnej w ZSRR. Nieoficjalnym zwierzchnikiem (Żywa Cerkiew podkreślała kolegialność) był obieralny przewodniczący tych instytucji. Od 1933 funkcjonował tytuł „pierwszego hierarchy”, zaś Aleksandr Wwiedeński próbował, bez powodzenia, upowszechnić tytuł patriarchy.