W 2010 obydwa Kościoły zadeklarowały jednak chęć wznowienia kontaktów.
Prawosławie w Estonii – sytuacja obecna Na terenie Estonii Estoński Apostolski Kościół Prawosławny działa równolegle z Estońskim Kościołem Prawosławnym Patriarchatu Moskiewskiego. Grupuje on przede wszystkim przedstawicieli mniejszości rosyjskiej, podczas gdy Estoński Apostolski Kościół Prawosławny zrzesza niewielką grupę prawosławnych EstończykówŁawreszuk M., Prawosławie wobec tendencji nacjonalistycznych i etnofiletystycznych. Studium teologiczno-kanoniczne, Wydawnictwo Naukowe Semper, Warszawa 2009, , s. 281–285.. Historycznie wyznaniem dominującym w Estonii był protestantyzm (luteranizm).
Struktura Kościoła Od 1999 na czele Kościoła stoi metropolita Tallinna i całej Estonii Stefan (Charalambides), pochodzący z CypruMETROPOLIIT. Oprócz niego w skład soboru biskupów Kościoła wchodzą również: biskup Tartu Eliasz oraz biskup parnawski i saremski Aleksander.
W 2023 roku Kościół liczył ok. 33 tysięcy wiernych.
Podział administracyjny W skład Kościoła wchodzą trzy eparchie: archieparchia