Została jednak zahamowana aktywność misyjna mariawityzmu. Tragedia wiśniewskich mariawitów rozegrała się w sierpniu 1944, kiedy to nacierająca ze wschodu Armia Czerwona zepchnęła wojska niemieckie z głównego szlaku Brześć–Warszawa. Cofały się one wzdłuż linii Sokołów–Dobre–Stanisławów. Parafia znalazła się pomiędzy walczącymi wojskami. Od 2 sierpnia 1944 przez dwa tygodnie Wiśniew i jego okolice stały się terenem zmagań niemiecko-radzieckich. W wyniku walk zniszczeniu uległ kościół mariawicki. Zdewastowano i rozkradziono majątek klasztorny. Spłonął cały majątek parafii, a także duma wiśniewian – jedyne organy w przedwojennych kościołach mariawickich. Tak poważne straty nie wpłynęły negatywnie na postawę mariawirów, którzy dokładali wszelkich starań by parafia powróciła do przedwojennego stanu. Najważniejsza była pilna odbudowa budynku kościelnego. Parafianie z całym poświęceniem rozpoczęli odbudowę kościoła. Dzięki tym staraniom już w lecie 1945 stanęły na murach kościelnych wiązania dachowe i zbudowano prowizoryczny ołtarz. Jesienią 1946 wszystkie nabożeństwa zostały przeniesione do kościoła.