Od 1605 r. w kościele zainstalowane były na chórze organy, ufundowane przez mieszczan: Andrzeja Grudzińskiego i Daniela Jastrzębskiego. W 1618 r. rozbudowano je, a w 1715 r. gruntownie wyremontowano. Przetrwały aż do kasaty kościoła. Dzwony kościelne nabywano sukcesywnie w pracowni Hermana Bennicka w Gdańsku, w latach 1563, 1605 i 1618 r.
Grobowce W kościele do końca XVIII wieku chowano zmarłych w specjalnie do tego celu przygotowanych kryptach. Należeli do nich przede wszystkich zakonnicy, członkowie bydgoskiego konwentu. Chowano również (za opłatą) osoby świeckie, szczególnie zasłużone dla klasztoru i kościoła. Do ważniejszych osobistości pochowanych pod posadzką kościoła należeli m.in.Kościół katolicki w Bydgoszczy. Kalendarium. Praca zbiorowa. Autorzy: Borodij Eugeniusz, Chamot Marek, Kabaciński Ryszard, Kutta Janusz, Pastuszewski Stefan: Paweł Koszucki, sekretarz królewski i wojski poznański, dzierżawca wsi królewskiej Bartodzieje – 1609 r. Mikołaj Jastrzębski, admirator obserwancji bernardyńskiej – 1610 r. Kazimierz Dornowski, szlachcic – 1695 r. Katarzyna Raczyńska, żona sędziego nakielskiego – 1695 r. Katarzyna Orzelska, szlachcianka – 1703 r. Stanisław Piniński, burgrabia bydgoski – 1715 r. Michał Komierowski szlachcic – 1766 r. Teresa Grabowska, faworyta królewska – 1769 r.