Ołtarze W 1816 r. w wizji lokalnej kościoła stwierdzono, że znajdowało się w nim dziesięć ołtarzy: siedem w nawie i trzy w prezbiterium. W głównym ołtarzu do początków XVII wieku znajdowała się figura Matki Boskiej Bolesnej, tzw. Pietà. Figurka ta powstała według tradycji na miejscu w Bydgoszczy, wyrzeźbiona przez biegłego w sztuce karmelitę. W 1605 r. została przewieziona do nowo powstającej placówki zakonnej w Oborach na Ziemi Dobrzyńskiej i ostatecznie tam pozostałaPastuszewski Stefan: Pieta bydgosko-oborska. [w.] Kalendarz Bydgoski 1997. Ukoronowana w 1966 r. przez prymasa Polski kard. Stefana Wyszyńskiego, obecnie jest tam czczona jako Patronka Ziemi Dobrzyńskiej.
Pozostałe ołtarze w kościele karmelitów wznosiły licznie powstające bractwa kościelne, których członkami byli mieszczanie Bydgoszczy, okoliczna szlachta, a także osoby z regionów: Kujaw, Wielkopolski, Warmii i Pomorza Gdańskiego. Do ważniejszych bractw, które utrzymywały w świątyni swoje ołtarze należały: Bractwo Matki Boskiej Szkaplerznej powstałe w 1470 r. – najbardziej masowa organizacja kościelna w mieście; Bractwo św. Barbary powstałe w 1590 r. – założone przez cech bydgoskich spławników: szyprów, sterników i pomagrów; Bractwo św.