Biblioteka wraz z istniejącym skryptorium oraz Bernardyńskim Studium Filozoficznym stworzyły warunki dla rozwoju środowiska o szerszych ambicjach intelektualnych. Jednym z profesorów studium był Bartłomiej z Bydgoszczy – bernardyn, który w miejscowym klasztorze prowadził owocne prace naukowe. Środowisko klasztorne było żywym ośrodkiem dziejopisarskim. Powstawały tutaj celowo zbierane zbiory wiadomości historycznych dotyczących zakonu, klasztoru oraz miasta Bydgoszczy. Z kilku napisanych kronik, opublikowana jest jedna z nich, której spisywanie rozpoczął z początkiem XVII w. Jan z KościanaKantak Kamil. Kronika bernardynów bydgoskich. [w:] Roczniki Towarzystwa Przyjaciół Nauk Poznańskiego. t. XXXIII. Poznań 1907.
Biblioteka szczęśliwie przetrwała burzliwe czasy: potopu szwedzkiego (1656-1660) i wojny północnej (1700-1721). W 1810 znajdowało się w bibliotece 2400, a w 1817 roku – 1989 tomów. Po kasacie klasztoru Bernardynów przez władze pruskie w 1829 biblioteka została umieszczona w domku loretańskim, a po jego wyburzeniu w 1838 – w schowku za ołtarzem kościoła pobernardyńskiego. Następnie przekazana parafii farnej przetrwała w zapomnieniu do 1907. Zbiory biblioteki zostały częściowo rozproszone.